Första gången Brunneby återfinns i skrift är 1341, då viss prästgårdsjord utbytes vid Brunneby. Det skrivs då Brunnaby och skriften finns i Svensk Diplomatarium.

Norrgården: 1 mantal skattehemman

1640 ägdes hemmanet av Olof och 4 vuxna är mantalsskrivna där. Hemmanet synes ägts i samma släkt fram till 1793. En av ägarna Olof Trulsson var stadsorganist i Söderköping fram till sin död 1747. Efter hans död övergår ägandet till proviantmästaren Jacob Schenberg genom giftermål med Olof Trulssons dotter Brita, som kallar sig Thollander. Mellan de efterkommande ägarna kan ingen släktskap skönjas och 1822-1836 står fru prostinnan Wåhlander i Norrköping som ägare. Hennes efterträdare som ägare är överjägmästaren Ekenstam som också ägde Stensvad. Under dessa båda sistnämndas tid är det särskilda brukare vid Norrgården.

Mellangården ½ mantal skattehemman.

1640 brukas det av bonden Lars med hustru som är de enda mantalsskrivna där. Hemmanet har under tiden fram till 1832 ett flertal olika ägare varav släktskap kan spåras i två led. Erland Jonsson tidigare bonde i Alm var  verksam här från 1819 till sin död 1830 och sonen nämndemannen Botvid Erlandsson till sin död 1831. Ibland förekommer två brukare av hemmanet och ibland kallas det 2/3 dels mantal och ibland 1/3 dels mantal. Från 1832 noteras att det äges av Baron Funck på Almstad och troligtvis revs mangårdsbyggnaden i samband med detta. Vid indelningsverkets tillblivelse blir det liksom norrgården del av båtsmans rote nr 94. Det betecknas från denna också som Cavalleri Beneficeohemman.

Södergården ½ mantal

1640 kallas det Kyrkohemman och brukaren heter Cristman. Förutom han och hustrun är ytterligare en vuxen mantalsskriven där. Vid reduktionen 1691 blir det fråntaget Vadstena donation och anslaget till kronohemman. Det blir också tillsammans med Almstad, rustningshemman nummer 19 vid Östgiötha Livcompanie.

Inte heller här kan släktskap anses föreligga mellan ägarna och år 1806 köpes det av Baron Funck på Almstad. Under tiden fram till 1843 finns där särskilda brukare bosatta. Från 1843 är dessa tre hemman sammanslagna under beteckning 2 Mantal Brunneby. Baron Fredrick Funck på Almstad är ägare av samtliga och på Brunneby bor då rättare och ladugårdsarrendatorer.

1853 övertages äganderätten till Brunneby av löjtnanten Frans Algot Hedensteirna genom gifte med Fredrick Funcks dotter Ulrika Christina Hilda Wilhelmina. Frans Algot dör 1861 och änkan fortsätter att äga och tidvis bruka Brunneby fram till 1917.

1860 uppfördes den nuvarande mangårdsbyggnaden och 1882 byggdes ett bättre stall och vagnslider.

1904-1917 arrenderas Brunneby av Anders Johan Andersson. Erik Wilhelm Hesse köper det 1917 och redan året därpå blir de en ny ägare, Hjalmar Anders Orest.

1924 köper Karls Gustav Hansson Brunneby och han efterträds av sin son Gustav Allan.

Se Brunneby även under kartor